A Maconomy elődje az 1983-ban Per Tejs Knudsen, Philip Dam és Ulrik Jorring által alapított PPU Software A/S volt.
1984-1989 között a három alapító odaadó munkájának eredménye annak a technológiának a kifejlesztése, amely megalapozta a későbbi növekedést. A PPU Software A/S egy üzleti alkalmazást fejlesztett ki a Hewlett-Packard HP3000 mini számítógépéhez. 1989-ben tevékenységüket a PPU Maconomy A/S leányvállalatban összpontosították, melynek ügyvezetője Per Tejs Knudsen lett .
Az 1990-es évek folyamán a cég internetes támogatást is fejlesztett anélkül, hogy a terméket újra kellett volna írni. 1998-ban a Maconomy piacra dobta első, internet alapú termékeit, a webshopot és egy Java alapú időtábla klienst.
A Maconomy folyamatosan növelte piaci részesedését, ezért 2000-ben a vállalat elhatározta, hogy részvényeit tőzsdén jegyezteti. A nemzetközi részvénypiacokon tapasztalt jelentős zűrzavar ellenére a vállalatot sikeresen tőzsdére vitték, és ezzel megalapozták a vállalat jövőbeni növekedését.
2002 júniusában Bent Larsen, az igazgatóság elnöke lett az ügyvezető igazgató. A menedzsment változását követve, szeptemberben növekedési stratégiát hirdettek. Az új stratégia értelmében még hangsúlyosabban a kiválasztott iparágakra összpontosítanak, ezzel is kihasználva a Maconomy több mint 20 éves tapasztalatát ezeken a területeken.
2005 júniusában a Maconomy ügyvezető igazgatójának Hugo Dorph-ot nevezték ki. Fő célja egy új növekedési korszak elindítása volt. Miután az első növekedési fázisban 2006 és 2008 között jelentős növekedést értek el a cég eredményében, Hugo Dorph és a menedzsment 3 éves növekedési tervet hirdettek, mely szerint a Maconomy 2011-re a professzionális szolgáltató cégeknek fejlesztett ERP-k között vezető szerepet fog betölteni Európában.